Ο Πελάγιος Α΄ (Pelagio I, … – 4 Μαρτίου 561) ήταν Πάπας από το 556 έως το θάνατό του το 561. Ήταν ο δεύτερος Πάπας του βυζαντινού παπισμού και, όπως και ο προκάτοχός του, πρώην αποκρισάριος στην Κωνσταντινούπολη.
Καταγόταν από αριστοκρατική ρωμαϊκή οικογένεια. Ο πατέρας του, Ιωάννης, πρέπει να ήταν εφημέριος μίας από τις δύο διοικητικές περιφέρειες στις οποίες ήταν τότε χωρισμένη η Ιταλία. Ο Πελάγιος συνόδευσε τον Πάπα Αγαπητό Α΄ στην Κωνσταντινούπολη, ο οποίος τον διόρισε νούντσιο της Ρωμαϊκής Εκκλησίας σε αυτήν την πόλη.
Όταν ο Πάπας Βιγίλιος πήγε στην Κωνσταντινούπολη με διαταγή του αυτοκράτορα Ιουστινιανό Α’, ο Πελάγιος έμεινε στη Ρώμη σαν αντιπρόσωπός του. Ο βασιλιάς των Γότθων, Τοτίλας, είχε ήδη αρχίσει να πολιορκεί την πόλη. Ο Πελάγιος μοίρασε την ίδια του την περιουσία για να ανακουφίσει το λαό που υπέφερε από το λιμό, και προσπάθησε να πείσει το βασιλιά να κάνει εκεχειρία. Αν και απέτυχε, αργότερα έπεισε τον Τοτίλα να χαρίσει τις ζωές στους αιχμαλώτους που συνέλαβε όταν μπήκε στην πόλη το Δεκέμβριο του 546. Ο Τοτίλας έστειλε τον Πελάγιο στην Κωνσταντινούπολη για να διαπραγματευτεί ειρήνη με τον Ιουστινιανό, αλλά ο αυτοκράτορας τον έστειλε πίσω λέγοντας ότι ο στρατηγός του Βελισάριος είχε την εξουσία στην Ιταλία.
Παραδοσιακά του αποδίδεται η Βασιλική των Αγίων Δώδεκα Αποστόλων στη Ρώμη, που κτίστηκε για να τιμήσει τη νίκη του στρατηγού Ναρσή κατά των Οστρογότθων.
Ο Πελάγιος εκλέχτηκε Πάπας σαν υποψήφιος υποστηριζόμενος από τον Ιουστινιανό. Ενώ πριν την εκλογή του στάθηκε ενάντια στην προσπάθεια του Ιουστινιανού να καταδικάσει τα «Τρία Κεφάλαια» για να συμβιβάσει τις διάφορες παρατάξεις μέσα στην εκκλησία, αργότερα υιοθέτησε τη θέση του αυτοκράτορα. Αυτό κατέστρεψε τη φήμη του στη Βόρεια Ιταλία, τη Γαλατία και ολόκληρη τη Δυτική Ευρώπη, με αποτέλεσμα οι διάδοχοι του για τα επόμενα 50 χρόνια αφιέρωσαν πολύ κόπο για να αποκαταστήσουν τη ζημιά.