Ο Φώτης Καφάτος διακόνησε τη βιολογία και υπήρξε επιστήμονας με διεθνή εμβέλεια. Θεωρείται ο πατέρας της μοριακής βιολογίας στον ελληνικό χώρο.
Γεννήθηκε στο Ηράκλειο της Κρήτης στις 16 Απριλίου 1940 και ήταν το δεύτερο παιδί του γεωπόνου Κωνσταντίνου Καφάτου και της δασκάλας Ελένης Ξηρουδάκη. Οι γονείς του είχαν αναπτύξει έναν κύκλο ανθρώπων των γραμμάτων και των τεχνών. Ο πατέρας είχε μέσα στις τόσες άλλες δραστηριότητές του και μεγάλη αφοσίωση στην αρχαιολογία. Κάθε Κυριακή, μετά τη Θεία Λειτουργία, επισκέπτονταν οικογενειακώς το Αρχαιολογικό Μουσείο του Ηρακλείου. Γνωρίστηκε με όλους τους αρχαιολόγους που έκαναν ανασκαφές στην Κνωσό, και στον κύκλο των φίλων του προστέθηκαν ο Νίκος Καζαντζάκης και η γυναίκα του Γαλάτεια.
Ο Φώτης Καφάτος αρχικά ήθελε να γίνει αρχαιολόγος. «Κάθε Κυριακή που πηγαίναμε στο μουσείο, παρατηρούσα τους σφραγιδόλιθους και τα αγγεία. Μέσω της αρχαιολογίας στράφηκα και προς την τέχνη. Η βιολογία, που επέλεξα τελικά, δεν ήταν αποκομμένη απ' όλα αυτά. Πάντα με ενδιέφερε, μελετώντας την Αρχαία Ελλάδα, να δω τις αλλαγές των γενεών και πώς, μέσω αυτών, εξελισσόταν ο κόσμος στον οποίο σήμερα ζούμε. Από εκεί, στα άγουρά μου χρόνια, έφτασα σήμερα, στα πιο ώριμά μου, να ασχολούμαι με την ιδέα της εξέλιξης. Την εξέλιξη του σύμπαντος» είχε πει σε μία συνέντευξη.
Μετά την αποφοίτησή του από το Λύκειο «Ο Κοραής» του Ηρακλείου εγκαταστάθηκε στη Νέα Υόρκη, όπου σπούδασε, με γαλλική υποτροφία, ζωολογία στο Πανεπιστήμιο Κορνέλ. Συνέχισε τις σπουδές στο Χάρβαρντ, όπου έλαβε μάστερ Βιολογίας (1962) και διδακτορικό στον ίδιο γνωστικό τομέα (1965) με αντικείμενο την απομόνωση του ενζύμου cocoonase από τα Λεπιδόπτερα. Την ίδια χρονιά εξελέγη επίκουρος καθηγητής, ενώ το 1969 έγινε ο νεαρότερος τακτικός καθηγητής θετικών επιστημών του Χάρβαρντ.
Παράλληλα με τα ακαδημαϊκά του καθήκοντα στο Χάρβαρντ, όπου παρέμεινε έως το 1994, ο Φώτης Καφάτος δίδαξε από το 1972 έως το 1982, ως καθηγητής στο Τμήμα Βιολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών, θέτοντας τις βάσεις για την ανάπτυξη της Μοριακής Βιολογίας στη χώρα μας. Οι φοιτητές του αυτής της περιόδου στελέχωσαν στη συνέχεια όλα τα ελληνικά τμήματα βιολογίας, ενώ το σύγγραμμά του «Εισαγωγή στη Μοριακή Βιολογία» παραμένει επίκαιρο ακόμη και σήμερα.
Το 1982 εξελέγη τακτικός καθηγητής του Πανεπιστημίου Κρήτης, κάνοντας πραγματικότητα ένα παλαιό του όνειρο, να διδάξει και να προσφέρει στον τόπο του. Τον επόμενο χρόνο πρωτοστάτησε στη δημιουργία του Ινστιτούτου Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας, που αποτελεί τμήμα του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ).
Το 1993 ανέλαβε Διευθυντής του Ευρωπαϊκού Εργαστηρίου Μοριακής Βιολογίας στη Χαϊλδεβέργη, θέση που διατήρησε για δύο θητείες, συμβάλλοντας στην ανανέωση και επέκτασή του. Το 2005 αποδέχθηκε τη θέση του καθηγητή της Ανοσογονιδιωματικής στο «Ιμπέριαλ Κόλετζ» του Λονδίνου, ενώ τον ίδιο χρόνο ανέλαβε την προεδρία του νεοσυσταθέντος Ευρωπαϊκού Συμβουλίου Έρευνας.
Ο Φώτης Καφάτος ήταν ένας από τους πρωτοπόρους στην παγίωση της μοριακής προσέγγισης της έρευνας της Ανάπτυξης και στην καθιέρωση της τεχνολογίας του Ανασυνδυασμένου DNA. Χρησιμοποίησε την τεχνολογία αυτή σε πρωτοπόρες αναλύσεις της μοριακής γονιδιακής εξέλιξης στα έντομα. Υπήρξε ο θεμελιωτής του προγράμματος της χαρτογράφησης και αλληλούχισης του γονιδιώματος της φρουτόμυγας (Drosophila melanogaster) και την πρώτη δεκαετία του αιώνα μας ήταν πρωτοπόρος στην αποκρυπτογράφηση του κουνουπιού - φορέα της ελονοσίας στον άνθρωπο, καθώς και στην ανάπτυξη νέων προσεγγίσεων για την καταπολέμηση της ελονοσίας, που ακόμα σκοτώνει 1-3 εκατομμύρια ανθρώπους κάθε χρόνο, κυρίως μικρά παιδιά στην υποσαχάρια Αφρική.
Οι δημοσιευμένες εργασίες του υπερβαίνουν τις 350 και τα επιστημονικά του επιτεύγματα έχουν αναγνωριστεί μέσα από πολυάριθμα μετάλλια, τιμητικούς τίτλους και αξιώματα καθηγητή και μέλους σε 9 Ακαδημίες, ανάμεσα στις οποίες η Εθνική Ακαδημία Επιστημών των ΗΠΑ, η Βασιλική Εταιρεία του Λονδίνου, η Γαλλική Ακαδημία Επιστημών και η Ποντιφική Ακαδημία Επιστημών του Βατικανού.
Ο ίδιος είχε πει ότι «η ζωή είναι ένα δώρο χρόνου και ως τέτοια την αντιμετωπίζω». Αυτό το δώρο τελείωσε για τον διακεκριμένο επιστήμονα στις 18 Νοεμβρίου 2017, όταν άφησε την τελευταία του πνοή στο Ηράκλειο της Κρήτης, σε ηλικία 77 ετών. Άφησε πίσω του τη σύζυγό του Σάρα και τις δύο κόρες του Μυρτώ και Ελένη.
Προς τιμή του Φώτη Καφάτου η Πανελλήνια Ένωση Βιοεπιστημόνων (ΠΕΒ) έχει θεσμοθετήσει το «Βραβείο Αριστείας στη Βιολογία - Φώτης Καφάτος», που απονέμεται κάθε δύο χρόνια.